Franz Joseph Merzenich stammte aus Barmen-Merzenhausen in Nordrhein-Westfalen.
Nachdem er zusammen mit Jakob Kuhn (1845-1888) in Basel die Glasmalereien des 16. und 17. Jahrhunderts im Schützenhaus restauriert hatte, eröffnete er 1883 in Kleinbasel eine eigene Werkstatt.
Merzenichs Begabung lag in der Anfertigung von Wappenscheiben, die sich stilistisch und in ihrer zeichnerischen Perfektion an den Scheibenrissen und Glasgemälden der Renaissance orientierten. 

Die Scheibenfolge im Zunftsaal E.E. Zunft zum Schlüssel, der Basler Zunft der Kaufleute, stammt überwiegend aus seiner Hand.

Literatur
Zitiert aus: Anne Nagel und Hortensia von Roda, <...der Augenlust und dem Gemüth> Die Glasmalerei in Basel 1830-1930, Basel 1998, S. 28, 254-56, mit zahlreichen Abbildungen.